故事开始于松本幸一进入了一所名为“雷之宫”的公室寄宿学校。这所学校以严格的欧美纪律和残酷的体罚而闻名，学生们被迫忍受着训导员们的公室虐待和欺凌。松本幸一身体虚弱，欧美无法适应这种苛刻的公室环境，经常受到同学们的欧美欺负。

然而，公室在这个残酷的欧美学校中，松本幸一结识了一个与众不同的公室同学——蛇田纯一。蛇田纯一一个勇敢而坚强的欧美少年，他不畏惧训导员们的公室体罚，经常向他们挑战。欧美蛇田纯一的勇敢和坚强激励着松本幸一，使他渐渐变得勇敢起来。

随着故事的发展，松本幸一逐渐成长为一名坚定的反抗者。他和蛇田纯一一起组织了一场学生起义，向虐待他们的训导员们宣战。学生们终于站了起来，勇敢地面对了残酷的现实。

蛇与鞭通过讲述松本幸一的成长故事，探讨了权力与反抗、勇气与坚持的主题。小说揭示了那个时代日本教育体制中的黑暗面，让读者深思学校教育的本质和人性的复杂性。

井上靖以细腻的笔触和犀利的描写展现了每个角色的内心世界，使读者能够真实地感受到他们的痛苦和坚强。蛇与鞭不仅一部揭示社会问题的小说，更一部关于成长、友情和勇气的故事。